Aqui é efectuado um exame clínico direccionado para o aparelho respiratório, complementado por análises clínicas e endoscopia do aparelho respiratório superior e/ou endoscopia brônquica. Pode ainda ser feita lavagem bronco-alveolar com colheita de material para análise citológica, para doseamento de proteína e para análise parasitológica.

Em casos de suspeita de situação infecciosa pode ser feita colheita trans-traqueal asséptica para análise bacteriológica e teste de sensibilidade a antibióticos.