A avaliação oftalmológica é feita em conjunto por elentos do corpo clínico dos equinos e um oftalmologista. Para além do acompanhamento terapêutico médico, as lesões da córnea e as cataratas com indicação cirúrgica são algumas das intervenções que a FMV está em condições de realizar.

 É feito o exame clínico, o qual pode ser complementado por análise micológica, pesquisa de ácaros, ou colheita de biopsias para análise histopatológica.

Aqui é efectuado um exame clínico direccionado para o aparelho respiratório, complementado por análises clínicas e endoscopia do aparelho respiratório superior e/ou endoscopia brônquica. Pode ainda ser feita lavagem bronco-alveolar com colheita de material para análise citológica, para doseamento de proteína e para análise parasitológica.

Em casos de suspeita de situação infecciosa pode ser feita colheita trans-traqueal asséptica para análise bacteriológica e teste de sensibilidade a antibióticos.

 A avaliação cardiovascular do cavalo é fundamentada num exame clínico geral e de especialidade, do qual a auscultação cardíaca e respiratória, o estudo do pulso, a avaliação da circulação de retorno e periférica e a avaliação das mucosas são dados importantes. Regularmente recorre-se a meios complementares de diagnóstico, sobretudo a electrocardiografia e a ecocardiografia que estão disponíveis na FMV.

As indicações para avaliação cardiológica do cavalo são sobretudo os exames em acto de compra, o despiste de malformações cardiovasculares congénitas, a presença de alterações à auscultação como por exemplo a presença de um sopro, as arritmias ou o estudo de situações de intolerância ao exercício. 

Aqui é efectuado um exame clínico direccionado para o aparelho gastrointestinal, complementado por análises clínicas e endoscopia gástrica com possibilidade de avaliação do pH do conteúdo gástrico e de colheita de biopsias gástricas. Pode ainda ser feito o despiste de infecção por Helycobacter.

As cólicas representam para os equinos um problema urgente e grave e que requere uma abordagem clínica intensa muitas vezes sob forma de internamento e algumas vezes com indicação para cirurgia.